在河南、湖广等地官军与义军激战正酣时，东南沿海地区也在一步步酝酿着巨大的变革。

熊文灿自去年六月巡抚福建后就着手全力整治福建水师，并不断接触郑芝龙尝试招安，促进福建沿海的和平稳定。

十一月时，熊明遇顶替熊文灿巡抚福建，熊文灿迁为福建总兵、提督水师。此时，郑芝龙已经接受了朝廷的招安，跟随熊文灿乘船北上去往京师面圣。

十二月，熊文灿和郑芝龙到达京师秘密面见了朱由校，朱由校在御书房面授机宜，畅聊一日后，俩人又秘密离京，返回福建。

郑芝龙返回金门老巢，召集部下商议，到会的全都是自己的家人和最为信任的下属，分别为郑芝虎、郑芝豹、郑芝莞、郑芝凤、施大瑄、洪旭和甘辉。

郑芝龙拿出皇帝圣旨和海防游击的印信，告知众人：“圣上已册封我为从三品南安伯，任命我为南海水师指挥使。你们七个是我最亲近、最信任的兄弟和家人，如果愿意，我也会为你们向圣上请封职位。”

顿了顿，继续道：“我不想为难你们，如果你们不想效忠大明朝廷，大可现在就带着船只和部下离开，我决不拦着，但以后再见面你我就再也不是家人兄弟了。”

说完就喝起了茶，不再言语。

郑芝虎愣了一会儿，不理会还在震惊之中的众人，道：“我十四岁就随大哥漂泊在外，无论大哥做什么，我都听大哥的！”

言罢，郑芝虎就站到郑芝龙身边，郑芝豹、郑芝莞、郑芝凤三人也随之。

施大瑄笑道：“我一直以来跟随大哥走南闯北，自然是大哥去哪我去哪，现在还能在朝廷混个一官半职，何乐而不为呢？”

施大瑄说完后，洪旭和甘辉也是同样的态度。

“哈哈哈……好！不愧是我郑芝龙的兄弟！以后我们兄弟八人同生死，共进退！”

郑芝凤提出问道：“那其余十八芝的兄弟怎么办呢？”

郑芝龙叹了口气道：“你们也清楚，十八芝名义上以我为主，但平时他们各干各的，我也管不了他们。后面我会通告他们的，愿意效忠朝廷的我也会为他们求得一官半职。但我怕他们有什么别的心思，所以我们几人先做好准备，以防万一。”

天启九年二月一日，皇帝正式颁布圣旨：

册封郑芝龙为从三品南安伯，设立“南海水师指挥使司”，任命郑芝龙为南海水师指挥使，郑芝虎为南海水师指挥同知，郑芝凤为南海水师指挥佥事，郑芝豹、郑芝莞、施大瑄、洪旭、甘辉为游击；

开放福建沿海多个海港，设立福建海关，征收海商赋税，允许百姓凭证出海通商；

并命郑芝龙“剪除夷寇、剿平诸盗”，整顿海商，招抚或剿灭海盗。

随即，郑芝龙给十八芝其余人分别去信告知投效朝廷一事。不久之后，十八芝就分裂开来，主要是以郑芝龙为首的“一官派”和以刘香为首的“刘香派”。

特别是在台湾岛上屯垦的各部。杨天生和陈衷纪都是愿意追随郑芝龙，同在岛上的何斌和郭怀一既不愿意投效朝廷，也不愿意跟着刘香，就选择投靠到荷兰人那边求得安身。

前首领李旦之子李国助不愿看到兄弟相残，凭着父亲的余威和声望，也聚集了一批愿意追随他的人，便带着人驾船离去，到琉球、日本一带寻生计去了。

刘香极为痛恨官府，拒绝投降朝廷，带着杨六、杨七、钟斌、李魁奇直接与郑芝龙决裂。

南居仁、南居益、南居业于天启九年正月全部上任后。南居业在南京工部调集资源，南居仁统筹浙江地区的人力物力，开始集中力量于舟山岛建设水寨、港口、造船厂，南居益负责组建“东海水师”。

早在天启四年九月，南居益时任福建巡抚，就已经整顿福建水师打败荷兰人，收复了澎湖。当时的福建水师也是颇为精锐，但自从南居益升迁工部侍郎，就又开始逐渐懈怠糜烂。再到天启七年，时任福建副总兵的俞咨皋在漳州府诏安县铜山被郑芝龙击败，所部全军覆没，福建水师精锐也损失殆尽。

南居益无奈，只能调集浙江水师、福建水师、南直隶水师进行整顿改编。把报废船只拆除，利用木料修补尚好的船只；成立造船厂、建设大型船坞，建造修补战船；效仿当年戚少保招募浙江沿海居民训练为水手。

三人之中，最头疼的就是南居仁，他是负责后勤调度，人力、资源都好说，大明什么都缺，就是不缺人、不缺工匠人才，南方也不缺造船要用的木料。目前最主要的就是缺钱！

之前南居益担任户部左侍郎就已经见识到了太仓的窘迫。然后皇帝在各地改革军政，几次大案中抄家搜刮得来钱财也是流水一样花销。南居益巡抚浙江第一件事就是裁撤冗官冗员、彻查空员空饷，开源节流，节省开支。

到南居仁接手，府库中好不容易积攒的几十万两银子及皇帝从内帑调拨了三百万两，投入到舟山岛基础设施建设和组建水师，也就是扔到水里，只听了个响。

面对如此巨大的花销，普通百