病死后，刘备就来到了徐州，杀死了当时曹操所任命的徐州刺史车胄，举兵反叛了曹操。

然后在第二年的建安五年，程昱又迁升振威将军，当时袁绍在黎阳准备带兵南渡攻打兖州，而程昱当时却只有七百名士兵守着鄄城，曹操知道形势危急，于是便命人告诉程昱，想要在派二千兵马前往鄄城助守，而程昱不肯接受，并且向曹操分析道：“袁绍这次拥兵十万之众，自以为所向无前，袁绍若只见在下领兵过少，必定认为这里有诈，不敢轻易来攻，但是如果在此时增加了我手下的士兵，过多则不可不攻，要攻之必克，只会两损其势，所以希望明公不要怀疑！”

于是曹操再次从之，袁绍听闻程昱手下兵少，甚至还不到一千兵马，果然不敢进兵，曹操听闻其事，不由得向贾诩说道：“程昱的胆略，超过孟贲、夏育啊。”

曹操口中说到的这两个人，都是春秋战国时期著名的勇士，其中的孟贲更是因为其“水行不避蛟龙，陆行不避虎狼，发怒吐气，声响动天。尝于野外见两牛相斗，孟贲从中以手分之，一牛伏地，一牛犹触不止。贲怒，左右按牛头，以右手拔其角，角出牛死。”，所以成为了秦武王的护卫。。。没错，就是那个闲着没事去举天下九鼎，然后作死成功的秦武王，这位年少好强的秦武王，抓住一只龙纹赤鼎猛地举了起来，殊不知此鼎重量过大，终因力气不支，累得双目出血，然后力尽鼎落，又砸断了秦武王的膑骨，结果秦武王不治而死，丢了王位，而无辜的吃瓜群众孟贲也因此获罪，被诛杀九族，死的不可谓不冤啊，而本来秦武王是有能力统一天下的，结果这才二十三岁就自寻死路，只得将统一天下的机会交给了自己的后代秦始皇了。。。

不过由此可见，曹操对程昱的赞赏有多高。

在接下来的建安八年（也就是公元203年），程昱纠合了一伙山间民众及亡命之徒，以此得到了精兵数千人，于是引军与曹操会师黎阳，讨伐袁谭、袁尚，曹操派遣了李典与程昱一同以船水运军粮。

在这时，魏郡太守高蕃将兵马屯于河上，断绝水道，曹操便对李典、程昱说道：“若船不得过，便可下从陆道。”

李典当时便与诸将议曰：“敌军少甲而恃水，有懈怠之心，击之必克。”，程昱亦以为然，遂北进渡河击破高蕃，水道得通，等到二袁破走之后，程昱便被拜为奋武将军，封安国亭侯。

到了建安十三年（也就是公元208年），在平定了河北地区之后，曹操便开始征讨荆州，而刘备前往东吴求助，于是有人便认为孙权会必杀刘备，不过程昱却认为道：“孙权新任在位，尚未为海内所忌惮，而曹公无敌于天下，初举荆州，威震江表，孙权虽然有谋，亦不能独自抵当，刘备则一向有英名，刘备的两个义弟关羽、张飞皆是万人之敌，孙权必定会援助他们以防御我军。之后分道扬镳，但是刘备已经得到实际资助，那孙权又不能得之刘备而杀了。”

结果就真和程昱说的一样，孙权果然将补给军兵资助给了刘备，以抵御曹操的进攻。

在等到曹操攻取了荆州之后，中原之地便大致平定，曹军势力也在逐渐稳步的扩充。

有一次，曹操抚着程昱的背说道：“当初兖州之败，若非听从你的计谋，我又怎可以来到这里呢？”

而程昱却听出来了曹操的弦外之音，于是非常果断的答道：“所谓‘知足不辱’（出自《道德经》的第四十四章，指一个人只要懂得知足，就不会因为过份的贪婪而得到屈辱的收场），如今也是我急流涌退的时候了。”

于是程昱正式表示从此缴还兵权，阖门不出。

不过程昱也没有在家赋闲太久，到了公元211年，也就是建安十六年的时候，曹操在征讨韩遂、马超之时，曹丕负责留守，于是又使人请出了程昱参知军事，因为此时田银、苏伯等人于河间作反，曹丕遣将军贾信征讨。

在平叛之后，叛军之中有千余人请降，朝中大臣皆认为应按照旧法，尽诛降军，而程昱此时却说：“以前之所以要诛杀投降者，是因为当时局势动荡，天下大乱，攻打贼人时采取‘围而后降者不赦’的方针，目的在于向其它乱党显示不尽早投降的后果，让所有敌人都感到惧怕，未围先降，那以后用兵便不需要动辄围城。如今天下形势大致已经安定，而且今次的战事是发生在领土之内，这些都是不成气候的贼众，杀了他们也没有可以示威示惧的地方，失去了以往诛降的策略意义。因此我认为这些降兵不可诛杀；即使要诛杀他们，也要先询问曹公的意见。”

可是当时的大臣基本上都是曹丕的亲信，所以都认为“军事方面我们可以自行下决定，毋须事事向曹公启奏！”

程昱闻言后，便不再作出回应，直至朝议完结之后，曹丕离开议堂，特地引见程昱，向其询问道：“您似乎言犹未尽？”

程昱思考了片刻之后，方才表示：“所谓‘可以自行下决定’的制度，是指面对临时之急，需要尽速立定决策的时候，才可以实行的。如今反贼已经被贾信制服，此事不会突发太过急剧的异变。因此老臣才不希望